Japon, 1649. Les partisans de l'empereur et ceux du shoghun s'affrontent pour la possession du manuscrit des Chroniques secrètes des Yagyû qui contiendrait des secrets menaçant le shogunat des Tokugawa au pouvoir depuis plus de trente ans. Yagyû Jûbei, escrimeur légendaire, est chargé de retrouver l'ouvrage afin d'empêcher une guerre civile.